Wird die Lyme-Borreliose frühzeitig erkannt und richtig behandelt, heilt sie rasch ab und hat dadurch nur wenig Auswirkungen auf das Leben des Patienten. Erfolgt die Diagnose jedoch erst spät und kommt es zu einem Spätstadium der Krankheit, kann sie sehr ernste Folgen haben. Doch selbst im Spätstadium der Krankheit führt die Behandlung in der Regel zum Verschwinden oder zur Besserung der Symptome.
Eine vergangene oder noch aktive Lyme-Borreliose führt nicht zur schützenden Immunität, es ist also möglich, sich mehrmals zu infizieren.
Manche Patienten leiden nach der (behandelten) Lyme-Borreliose an einer Reihe von aspezifischen Symptomen, die als "Post-Behandlungssyndrom der Lyme-Krankheit"“ zusammengefasst werden. Die genaue Ursache dieser Symptome ist bis heute nicht bekannt. Die meisten Mediziner sind der Meinung, dass ein Anhalten der Symptome vor allem auf Restschäden an Gewebe und Immunsystem infolge der Infektion zurückzuführen ist und nicht darauf, dass sich noch Bakterien im Körper befinden. Die Bezeichnung „chronische Lyme-Borreliose“ ist nicht ausreichend definiert und sollte nicht verwendet werden, da es bis zum heutigen Tag keine Hinweise darauf gibt, dass es bei einer korrekt durchgeführten Behandlung mit Antibiotika zu einer Resistenz kommen könnte.